Los primeros registros que se conservan de la hacienda se remontan a 1616, cuando las 850 hectáreas, que se convertirían en el poderoso ingenio azucarero de Santa Clara de Montefalco, fueron arrendadas a don Pedro de Aragón por el cuarto marqués del Valle, don Pedro Cortés, nieto del conquistador.
A principios del siglo XX era un ingenio azucarero muy próspero, pero durante la Revolución Mexicana, toda la propiedad fue incendiada y saqueada con excepción de la iglesia. Posteriormente, tras la reforma agraria, la antigua y extensa hacienda quedó reducida a poco más de treinta hectáreas.
Durante décadas permaneció en ruinas hasta que en 1951 los antiguos dueños de la hacienda donaron los terrenos de Montefalco al padre Pedro Casciaro -un sacerdote enviado por san Josemaría Escrivá- y a un grupo de profesionales mexicanos, con el objetivo de promover actividades sociales y de formación espiritual dirigidas a los núcleos de la población rural y urbana.
En las ruinas de Santa Clara de Montefalco se crearon: el Centro de Encuentros, el Centro Agropecuario Experimental el Peñón y la Escuela Femenina de Montefalco, hoy Colegio Montefalco.
Gracias a la generosidad de muchas personas, instituciones, empresas y fundaciones, la Hacienda Montefalco es una realidad que día a día trabaja por cumplir su compromiso con la sociedad.